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植物转录组测序时得到的Unigenes和Transcripts都是转录组的重要组成成分，但它们之间存在一些明显的区别。
Unigenes是通过转录组测序和组装得到的非冗余序列，它们代表一段转录组序列。这些序列是通过将大量的原始转录序列（reads）进行组装和整理，去除其中的冗余和错误，从而得到的更完整、更准确的转录序列。Unigenes是组装后的产品，每个Unigene代表一段转录组序列。
而Transcripts在某种程度上可以理解为原始的转录序列，也就是未经组装和整理的转录数据。这些序列往往是来自细胞内的所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA以及非编码RNA等。在植物转录组测序中，Transcripts是测序和组装成为Unigenes的基础数据。
总结来说，Unigenes和Transcripts都是植物转录组测序的数据，但Unigenes是经过组装和整理后得到的更完整、准确的转录序列，而Transcripts则是未经组装和整理的原始转录数据。
ITS鉴定的ITS鉴定的原理
ITS（Internal Transcribed Spacer）：内转录间隔区。是真菌核糖体RNA（rRNA）基因非转录区的一部分。用于真菌鉴定的ITS序列通常包括ITS1、5 .8 S 和ITS2。真菌ITS 区域长度一般在500 ～750 bp( 碱基对)。
rDNA 上的5 .8 、18 和28 SrRNA 基因有极大的保守性, 即存在着广泛的异种同源性。而由于ITS 区不加入成熟核糖体, 所以ITS 片段在进化过程中承受的自然选择压力非常小,因此能容忍更多的变异。在绝大多数的真核生物中表现出了极为广泛的序列多态性, 即使是亲缘关系非常接近的2 个种都能在ITS 序列上表现出差异, 显示最近的进化特征。研究表明,ITS 片段的进化速率是18 S rDNA 的10 倍。这就是ITS 序列在微生物种类鉴定和群落分析的理论基础。ITS1 和ITS2 是中度保守区域, 其保守性基本上表现为种内相对一致, 种间差异比较明显。这种特点使ITS 适合于真菌物种的分子鉴定以及属内物种间或种内差异较明显的菌群间的系统发育关系分析。由于ITS 的序列分析能实质性地反映出属间、种间以及菌株间的碱基对差异, 此外ITS 序列片段较小、易于分析, 目前已被广泛应用于真菌属内不同种间或近似属间的系统发育研究中。ITS 的序列分析还有效地解决Lenti nul a 、Suill us 、Tuber 、Cer at ocystis 和Oi diodendron等真菌应用形态学特征进行分类所引起的纷争, 弥补了传统分类上的一些不足。
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